Innocent đã phải chiến đấu một cuộc chiến cam go với vua Louis XIV của Pháp.

Hạn từ Pháp giáo (Gallicanisme) có nhiều nghĩa khác nhau. Các thần học gia đề cao công đồng hơn Giáo hoàng, các phán quan thì muốn những quyết định của Roma phải đợi họ cho phép mới có giá trị pháp lý trong nước Pháp, Còn các vua, từ thời vua Philippe le Bel xưa, muốn chiếm đoạt tài sản Giáo hội và chỉ đạo về tự do tôn giáo. Tất cả đều xác định rõ ràng Giáo hội Pháp có quyền tự trị đối với Roma. Năm 1610, Giám mục Richer, một thần học gia Paris đề ra tổ chức hội đồng Giáo hội tại Pháp (Collégiale).

Đẩy mạnh phong trào Pháp giáo, vua Louis XIV tìm cách giải quyết Jansenisme và Quietisme bằng cách bãi bỏ sắc lệnh Nantes (1598: cho tự do chọn tôn giáo). Louis XIV cố phục hồi sự thống nhất tôn giáo theo nguyên tắc cũ: "Một Thiên Chúa, một đức vua, một luật lệ, một đức tin". Louis nghĩ điều này khiến Giáo hoàng chấp nhận cho Louis về vương quyền. Louis cưỡng ép những người R.P.R. (Religion Prétendue Réformée: tôn giáo tự nhận là cải cách) phải gia nhập Công giáo. Louis hạn chế việc phụng tự, cấm một số hệ phái Tin Lành. Một ngân quỹ lo việc cải đạo được thành lập. Kị binh nhà vua (Long kỵ binh) đóng quân ngay tại khu vực anh em cải cách làm gia tăng việc cải đạo cưỡng bức.

Cuộc xung đột thế kỷ XVII từ chuyện tiền bạc trong cuộc tranh chấp về vương quyền (Régal: nhà vua thu bổng lộc những tòa Giám mục trống ngôi). Vua Louis XIV đòi áp dụng vương quyền trên mọi địa phận, thay vì hạn chế trong các địa phận cổ xưa nhất. Thế nhưng, Innocentê XI không chấp nhận các Giám mục do Louis chỉ định. Chẳng bao lâu 35 địa phận Pháp không có Giám mục.

Đáp lại, vua Louis triệu tập hội nghị giáo sĩ Pháp năm 1681. Giám mục địa phận Meaux, đã giảng một bài danh tiếng tại hội nghị về sự duy nhất của Giáo hội và soạn thảo bản tuyên ngôn bốn khoản (19-3-1682) là hiến chương của thuyết Pháp giáo: Nhà vua là thủ lĩnh tối cao trong vương quốc và Công đồng hơn Giáo hoàng (theo CĐ. Constancia), Các tập tục Giáo hội Pháp phải được tôn trọng và Sắc lệnh của Giáo hoàng có thể thay đổi.

Giáo hoàng Innocentê XI không kết án bản tuyên ngôn, nhưng ông phạt vạ các Giám mục trực tiếp soạn thảo. Tranh chấp lên cao độ. Năm 1685, Louis XIV làm ra vẻ tin rằng trong nước Pháp không còn ai theo Tin Lành, tuyên bố hủy bỏ sắc lệnh Nantes làm nhiều giáo sĩ được thỏa mãn. Thế nhưng RPR không biến mất. Khoảng 200.000 giáo dân đã rời nước Pháp lên vùng Liên Tỉnh (Provinces Unies) đến thành phố Hesse hoặc Brandebourg. Thế hệ tiếp theo của họ sẽ vùng dậy tại Cévennes (nhóm Camisards 1702) hoặc tổ chức "Giáo hội sa mạc" (Antoine Court 1715).

Năm 1693, nhân dịp Giáo hoàng Innocentê XII lên ngôi và vì phải đối đầu với liên quân các nước, vua Louis XIV nhượng bộ và các Giám mục Pháp rút lại bản tuyên ngôn.